7.多重荧光细胞分割（TR-Seg）

说明

1. 使用场景
   • 对多重荧光图像使用表型分析(TR-PhenoCluster)前需要检测细胞，表型分析以细胞为单位进行。
   • Qupath自带的细胞分割工具分割不准确，基于强度阈值，需要根据经验调整。
   • 细胞分割时希望考虑到细胞膜染色，TR-Seg以细胞核染色为核心，细胞膜染色辅助。
2. 功能入口：菜单栏：Terrydr -> TR-Seg
3. 测试数据：桌面 demo-wsi/GCexample.ome.tif
4. 更详细的细胞分割的操作说明请阅读

TR-Seg 细胞分割插件

操作步骤

1. 创建想要做细胞分割的批注

2. 打开细胞分割插件：菜单栏：Terrydr -> TR-Seg

3. 选择细胞核通道和细胞膜通道，以及其他参数调整后，点击“细胞分割”等待结果即可

   a. 这个例子中，我们细胞核选择的DAPI

   b. 细胞选择的PanCk,CD22 和CD20

   c. TR-Seg基于人工智能来分割细胞，速度比传统算法慢，区域越大需要的时间越久，请耐心等待

4. 当细胞分割完成后，程序提示用户载入数据

● 点击OK

● 查看细胞分割结果