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4.图像配准（TR-StainSync） ​

说明 ​

  1. 使用场景 a. 配准：相邻/相同切片多次荧光染色的图像配准为一张多通道的荧光图像 b. E和免疫组化配准：相邻/相同的多个切片的HE和IHC染色配准成一张图像 c. 组化配准：相邻/相同的多个免疫组化染色图像，配准成一张图像，并且可以将图像转化成多通道荧光图像 d. 态图像之间的配准：支持H&E-mIF 、H&E-IMC、IMC-mIF配准​​的配准，支持通过将Visium的低分辨率H&E图像与邻近切片的高分辨率图像的配准，将Visium的空间转录组信息配准到高分辨率H&E及与其配准的mIF或IMC图像上。

  2. 功能入口：菜单栏：Terrydr -> TR-StainSync

  3. 测试图像：三张4个通道的图像

    a. demo-wsi/AlignImage/ 1-R1-patch.ome.tif

    b. demo-wsi/AlignImage/1-R2-patch.ome.tif

    c. demo-wsi/AlignImage/ 1-R3-patch.ome.tif

操作说明 ​

  1. 前提

    a. 要配准的图像已经加入项目（本教程以demo-wsi 目录下的配准图像作为演示）

    b. 本教程是将三张4通道图像合并成为一张12通道的图像，以DAPI通道配准

    c. 图像文件为demo-wsi/AlignImage 下的 1-R1-patch.ome.tif、 1-R2-patch.ome.tif、 1-R3-patch.ome.tif

image-start

d. 在配准前，先打开每张图像，确认图像类型，并保存项目（Ctrl+s）.

image-openproject

  1. 打开配准插件：菜单栏: Terrydr -> TR-StainSync, 确保图像类型和通道被正常读取到并显示

如果列表中的图像没有图像类型和通道信息，则需要关闭插件窗口，依次打开图像，选择图像类型并保存

再次打开配准插件可以读取到图像类型和图像的通道

image-20251122150215078

  1. 勾选需要配准的图像，点击自动配准按钮，开始自动配准

image-autoready

  1. 按钮变成配准中，等待配准结束，会提示图像导入窗口（时间与图像大小以及通道数量有关，请耐心等待）

image-already

  1. 点击import，即可自动导入配准后的图像到当前项目中

image-import

  1. 可通过切换通道来查看配准结果

    a. 配准后的图像是一张12通道的图像

    b. 合并后会将所有图像的所有通道都被保留

    c. 可以通过查看每个图像的DAPI通道来检查配准结果

image-showres