2.基本介绍
QuPath简介
QuPath 是一款由爱丁堡大学 Pete Bankhead 博士团队创建的开源数字病理学软件，专为全玻片图像的分析与标注设计。它提供用户友好界面，支持自动细胞检测、组织分类及机器学习分析，并能处理多种图像格式。该软件采用 GPL 3.0 开源协议，可免费使用和修改，并由社区维护开发，是昂贵商业软件（如 Halo、Visiopharm）的有效替代品。QuPath 通过类似高德地图的金字塔图像格式和动态加载技术，高效处理大尺寸玻片扫描文件，即使在基础笔记本电脑上也能流畅显示。相比之下，ImageJ 等工具因内存限制难以直接处理全分辨率全切片图像。然而，QuPath 存在缺乏图像预处理、表型分析效率、空间分析功能、质控流程以及多模态数据对齐等方面的不足。
插件介绍
自研的插件矩阵，与QuPath紧密结合，不仅弥补了QuPath在图像分析流程上的缺失以及痛点，还极大地简化了用户的操作，让用户得以一站式简洁而高效的实现完整的图像分析流程。
| 序号 | 插件名称 | 功能 |
|---|---|---|
| 1 | TR-StainSync（图像配准） | 实现多轮染色或连续切片WSI图像的高精度自动配准与对齐，为后续分析提供空间一致性基础 |
| 2 | TR-PhenoCluster（多重荧光表型分析） | 基于超高维标记物表达进行自动化细胞聚类与表型鉴定，精准识别组织微环境中的各类细胞亚群 |
| 3 | TR-Spa（空间分析） | 定量解析细胞间的空间分布模式（如聚集、排斥）与相互作用关系，揭示组织结构的功能性规律 |
| 4 | TR-Seg（多重荧光细胞分割） | 专为多重荧光图像优化的高性能细胞分割模块，准确界定细胞边界以进行后续的定量特征提取 |
| 5 | TR-NosieX（多重荧光图像预处理） | 针对多重荧光图像的专用预处理工具，有效抑制噪声并增强信噪比，提升图像分析可靠性 |
目录说明
在您账号初始化的时候，我们已经为您创建好使用目录，以下为各个目录建议存放的内容
● 桌面常用目录：
| 序号 | 桌面路径 | 映射源路径 | 用途 |
|---|---|---|---|
| 1 | 桌面/demo-wsi | tdr/demo-wsi | 用于体验使用的图像文件，本教程也将使用demo-wsi 内的文件为例 |
| 2 | 桌面/project | tdr/project | 用于存放QuPath项目的文件夹，建议在该目录下创建项目文件夹 |
| 3 | 桌面/wsi | tdr/wsi | 用户存放自己WSI的路径，可以根据需要建立自文件夹 |
● 其他数据目录（请勿删除）
| 序号 | 路径 | 用途 |
|---|---|---|
| 1 | tdr/PhenoCluster | PhnoeCluster 配置数据的存储目录，一般无需手动查看和操作 |
| 2 | tdr/resultData | 插件分析过程中产生的一些结果数据，用户可根据需要自行查看和下载，如果删除了正在使用的数据，可能对当前的空间分析和聚类分析界面造成影响 |